首都醫科大學建校于1960年，是北京市重點高等院校，已故著名泌尿外科專家、兩院院士、全國人大常委會副委員長吳階教授為首任校長。現任黨委書記李明教授，校長呂兆豐教授。

學校校本部設有10所學院和1所研究院，包括基礎醫學院、公共衛生學院、化學生物學與藥學院、生物醫學工程學院、中醫藥學院、衛生管理與教育學院、護理學院、燕京醫學院、全科醫學與繼續教育學院、國際學院；北京腦重大疾病研究院。學校現有18所臨床醫學院暨附屬醫院，包括首都醫科大學宣武醫院（第一臨床醫學院）、附屬北京友誼醫院（第二臨床醫學院）、附屬北京朝陽醫院（第三臨床醫學院）、附屬北京同仁醫院（第四臨床醫學院）、附屬北京天壇醫院（第五臨床醫學院）、附屬北京安貞醫院（第六臨床醫學院）、附屬復興醫院（第八臨床醫學院）、附屬北京佑安醫院（第九臨床醫學院）、附屬北京胸科醫院（第十臨床醫學院）、北京三博腦科醫院（第十一臨床醫學院）、附屬北京地壇醫院（第十二臨床醫學院）、附屬北京兒童醫院（兒科醫學院）、附屬北京口腔醫院（口腔醫學院）、附屬北京安定醫院（精神衛生學院）、附屬北京婦產醫院（婦產醫學院）、附屬北京中醫醫院（中醫藥臨床醫學院）、附屬北京世紀壇醫院（腫瘤醫學院）和中國康復研究中心（康復醫學院），以及預防醫學教學基地（北京市疾病預防控制中心）。學校還設有10所教學醫院和35個臨床專科學院、專科學系。

學校學科力量雄厚。現有8個國家重點學科，2個國家重點（培育）學科，32個國家臨床重點專科，14個國家中醫藥管理局重點（培育）學科，4個北京市一級重點學科，6個北京市二級重點學科，1個北京市重點交叉學科，2個北京市一級重點建設學科，6個北京市二級重點建設學科，1個北京地區高等學校學科群。1個省部共建國家重點實驗室，3個教育部重點實驗室，1個教育部省部共建重點實驗室，24個北京市重點實驗室。有8個一級學科博士學位授權點和11個一級學科碩士學位授權點；按照三級學科統計，有59個博士學位授權點和78個碩士學位授權點。有9個博士后科研流動站。

學校本專科專業齊全，設置的七年制專業中有臨床醫學（包括兒科方向）和口腔醫學；本科專業中有臨床醫學、基礎醫學、口腔醫學、預防醫學、藥學、中醫學、中藥學、護理學、生物醫學工程、假肢矯形工程、康復治療學、公共事業管理（衛生管理）、醫學實驗技術、法學（衛生法學）、臨床藥學、醫學檢驗技術等16個專業。高職高專教育設有護理、醫學檢驗技術、藥學等14個專業。現有全日制在校生9770人，其中研究生2741人，長學制學生1534人，本科生3009人，高專高職生2077人，留學生409人；成教學生4551人。學校培養醫學與醫學相關學科的學術型和應用型人才，形成了全方位、多層次、創新型人才培養模式。
學校目前有7個國家級專業和10個北京市級專業，7門國家級精品課程和18門市級精品課程，2個國家級實驗教學示范中心和5個市級實驗教學示范中心，3個國家級人才培養模式創新實驗區和1個市級人才培養模式創新實驗區，3個北京市級校外人才培養基地和1個素質培養基地，7個國家級優秀教學團隊和11個市級優秀教學團隊，1名國家級教學名師和14名市級教學名師。通過教育教學改革實踐，五年學校獲得教育教學成果國家特等獎1項、二等獎2項；北京市特等獎2項、一等獎10項、二等獎20項。
學校具有較強的學術發展與科研實力，在校本部和附屬醫院擁有一批國家級和市級重點學科和重點實驗室的基礎上，建有高水的國家級、市級研究和培訓機構，如國家生命科學與技術人才培養基地、衛生部全科醫學培訓中心、北京市全科醫學培訓中心、首都衛生管理與政策研究基地等。學校有1個國家工程技術研究中心，1個教育部工程研究中心，6個北京市工程技術研究中心。5年來，學校承擔了國家“973”、“863”、國家自然科學基金、國家社會科學基金、北京市自然基金，以及教育部、衛生部、科技部、北京市科委、北京市教委等科研項目2095項（其中國家級科研項目986項），累計科研經費14.5億元；獲得各類各級獎勵86項，其中國家最高科技獎1項，國家科技進步獎7項、北京市科技獎29項、教育部“高等學校科學研究優秀成果獎（科學技術）20項、中華醫學科技獎23項、何梁何利科學與技術進步獎1項、吳階醫學獎3項、北京市哲學社會科學優秀成果獎2項；獲得專利授權225項。神經生物學、細胞生物學、基礎免疫學、醫學圖像處理、生物信息檢測與處理、神經內科、神經外科、心臟內外科、腎移植、呼吸內科、消化內科、口腔生物醫學、眼科、耳鼻咽喉科、小兒血液病等在國內外享有較高的聲譽。
學校和附屬醫院現有教職員工和醫務人員33870人（校本部1567人，附屬醫院32303人）。有院士3人，特聘顧問11人，正高職稱1669人，副高職稱2988人。其中教授617人（校本部91人，附屬醫院526人）,副教授1108人（校本部193人，附屬醫院915人）；博士生導師360人（校本部78人，附屬醫院282人），碩士生導師742人（校本部111人，附屬醫院631人）。校本部和附屬醫院總占地面積136.1萬方米（校本部24.7萬方米,附屬醫院111.4萬方米）；總建筑面積216.5萬方米（校本部33.9萬方米，附屬醫院182.6萬方米）；固定資產總值159.1億元（校本部14.9億元，附屬醫院144.2億元）；教學科研儀器設備總值23.6億元（校本部10.0億元，附屬醫院13.6億元）；圖書館藏書128.0萬冊（校本部79.7萬冊，附屬醫院48.3萬冊）；住院病床17035張。
學校有良好的教學科研輔助設施，建有圖書館、檔案館、醫學實驗與測試中心、信息與通訊中心、現代教育技術中心、臨床檢測中心、實驗動物部、學報編輯部、校史館、中醫研修學院及首都國醫名師館、生命與健康博物館（籌）、后勤服務集團、校醫院等健全的技術服務臺。
學校十分重視國際、國內交流與合作，先后與美國、加拿大、澳大利亞、英國、瑞典、挪威、香港、臺灣等30多個國家和地區的高校和相關單位簽訂了友好交流合作協議。先后接待50多個國家和地區的專家學者和學生數百人來校進行學術交流和參觀訪問。目前，我校聘請的外籍專家共18人，聘請的外國及港澳臺地區客座教授59人；在校學歷教育海外學生438名，覆蓋46個國家和地區。學校海外學生涵蓋了本科、碩士、博士研究生及進修生。同時，學校積極選送教師、科研人員和管理干部出國進修，參加學術會議和考察訪問。
建校50年來，學校形成了“扶傷濟世、敬德修業”的校訓、“愛國奉獻、艱苦奮斗、救死扶傷、嚴謹求實”的校風和“勤學、博思、求精、創新”的學風，并形成了比較完整的學校文化標識系統。同時，不斷以首醫人的奮斗歷程豐富著“首醫精神”的文化寶庫，激勵著首醫人繼續團結奮進。
校黨委始終把加強黨的先進性建設、推動事業科學發展作為學校黨建和政治工作的根本出發點和落腳點，“在沖鋒中建先鋒”的黨建理念深入人心。學校堅持育人為本、德育為先，不斷加強學生德育和教育管理工作。2007年，學校獲評北京市黨建和政治工作先進高校。
全體首醫人求真務實、齊心協力、自主創新、和諧發展，正在努力將首都醫科大學建設成為立足首都、面向全國、走向世界，國內一流、國際知名的醫科大學。