山東大學共設31個學院，在117個本科專業招生，各校區學院（部）分別為：
中心校區：哲學與社會發展學院、經濟學院、文學與新聞傳播學院、歷史文化學院、數學學院、物理學院、化學與化工學院、信息科學與工程學院、生命科學學院、環境科學與工程學院、管理學院、馬克思主義學院、國際教育學院、經濟研究院、儒學高等研究院（山東大學文史哲研究院）、外國語學院大學外語教學部、晶體材料研究所、環境研究院、山東大學齊魯證券金融研究院
洪家樓校區：政治學與公共管理學院、法學院、藝術學院、外國語學院趵突泉校區：齊魯醫學部（醫學院、公共衛生學院、口腔醫學院、藥學院、護理學院）
千佛山校區：材料科學與工程學院、機械工程學院、控制科學與工程學院、能源與動力工程學院、電氣工程學院、土建與水利學院、體育學院
興隆山校區：體育學院（除高水運動員）、信息科學與工程學院（一二年級）、經濟學院（一年級）、管理學院（一年級）、法學院（一年級）、政治學與公共管理學院（一年級）
軟件園校區：軟件學院、計算機科學與技術學院、加拿大高等教育基礎部
山東大學（威海）：韓國學院、商學院、法學院、新聞傳播學院、翻譯學院、藝術學院、海洋學院、機電與信息工程學院、空間科學與物理學院、繼續教育學院、數學與統計學院、國際教育學院
山東大學（青島）（計劃2017年搬遷）：信息科學與工程學院、生命科學學院、計算機科學與技術學院、環境科學與工程學院、政治學與公共管理學院、法學院
山東大學最好的專業（含在全國排名）
| 本科專業 | 校名 | 排名 | 開設的學校數 | 等級 | |||
| 機械設計制造及其自動化 | 專業在全國大學排名 | 6 | 開設的學校數 | 307 | 專業得分等級 | A++ | |
| 電氣工程及其自動化 | 專業在全國大學排名 | 6 | 開設的學校數 | 297 | 專業得分等級 | A++ | |
| 漢語言文學 | 專業在全國大學排名 | 5 | 開設的學校數 | 363 | 專業得分等級 | A++ | |
| 公共事業管理 | 專業在全國大學排名 | 7 | 開設的學校數 | 380 | 專業得分等級 | A++ |
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