福建中醫學院創建于1958年，是我國創辦較早的高等中醫藥院校，是福建省重點建設高校。
辦學體系完善。學校設有9個系、部，4個二級學院，2個研究院，有中醫骨傷科學、中西醫結合臨床2個博士學位授權點，18個碩士學位授權點；有中醫學、七年制中醫學、針灸推拿學、中西醫臨床醫學、臨床醫學、醫學影像學、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、市場營銷、護理學、公共事業管理、應用心理學、食品科學與工程等25個本科專業及方向。現有全日制在校生8000多人，研究生900多人。
師資力量雄厚。全校現有教職醫護員工2400多人，其中具有高級職稱的專業技術人員400多人；擁有一批國家級名老中醫學術繼承人指導老師、國家有突出貢獻的中青年專家、福建省優秀專家、國務院特殊津貼專家等。2002年和2007年，學校在教育部組織的第一輪、第二輪本科教學工作水評估中均獲得“優秀”成績。
學科體系健全。有1個國家中醫藥管理局重點學科，7個省局級重點學科；2個國家（局級）三級科研實驗室，5個省級重點實驗室。2003年以來，作為福建省八所重點建設高校之一，學校以學科建設，重點建設了中醫骨傷科學、中西醫結合臨床、中醫診斷學、方劑學、中醫康復學等學科，帶動其它相關學科的發展，取得了顯著的成績。2008年，學校再次被列入福建省重點建設高校。
臨床實力較強。學校有福建省人民醫院、福建省第二人民醫院、廈門市中醫院等8所附屬醫院，19所教學醫院，26所實（見）醫院，臨床基地實力雄厚，體系健全。有9個國家中醫藥管理局局級重點專科、專病，12個省級重點專科、專病。校本部設立國醫堂醫院，為社會提供服務。
辦學條件優越。擁有兩個校區，共占地1096畝，各類建筑總面積28萬多方米，教學科研儀器設備總值7900多萬元，圖書文獻總量140多萬冊。學校各類設施優良，配備了現代化的教學、科研、行政、生活等設施，建設了富有中醫藥文化氣息的人文景觀，是一個環境優美、文化濃郁的校園。學校1998年、2000年、2002年、2006年四次被福建省委、福建省人民政府授予“文明校園”榮譽稱號。
辦學鮮明。學校與美國、德國、澳大利亞、日本、馬來西亞、臺灣、香港等國家和地區的高等院校、科研醫療機構、學術團體建立了穩定的合作關系。學校是內地第一所招收臺灣學生的中醫藥院校，現有臺港澳學生及外國留學生400多名，其中多數為臺灣學生，對臺交流與合作是學校的辦學。
在新的發展階段，全校師生醫護員工將進一步更新觀念，開拓進取，努力把學校建設成為一所以中醫藥為主體，多學科協調發展，培養高層次中醫藥人才，服務海峽西岸經濟區，具有鮮明辦學的教學研究型中醫藥大學。
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