1991年3月，時任齊齊哈爾第一機床廠教育處副處長曹勇安整合社會閑散資源創(chuàng)辦民辦自考助學院校；1993年4月，鑒于發(fā)展壯大起來的學校尚無校名，黑龍江省教委批校名為黑龍江東亞大學；1993年7月，學校兼并了齊齊哈爾第一機床廠職工機電學院,從此具有了國有資產(chǎn)存量和全民身份的教職工，為混合所有制院校之雛形；2001年3月，經(jīng)黑龍江省人民政府批準，在黑龍江東亞大學基礎上成立齊齊哈爾職業(yè)學院；2011年4月，經(jīng)教育部批準，學院升格更名為齊齊哈爾工程學院。經(jīng)學院申請，黑龍江省人民政府批準學院隸屬齊齊哈爾市人民政府，成為市屬地方本科高校。
學院設機電工程系、交通工程系、建筑工程系、信息工程系、管理工程系、基礎部、職業(yè)發(fā)展中心、馬列教研部等教學機構(gòu)。目前，校本部全日制本、專科在校生7000余人，專任教師363人。開設涵蓋經(jīng)、管、文、法、工、農(nóng)、醫(yī)、藝等學科的17個本科專業(yè)和26個專科專業(yè)。
辦學25年來，學院充分發(fā)揮“混合所有制”優(yōu)勢，堅持“辦學以市場為中心、教育以學生為中心、工作以績效為中心”。積極探索“政校企合作、產(chǎn)學研一體、教學做合一”的辦學模式，致力于培養(yǎng)“應用性職業(yè)型的創(chuàng)業(yè)者”。學院1998年首創(chuàng)的“委托管理”辦學模式（此模式已被寫入《國家中長期教育改革和發(fā)展規(guī)劃綱要（2010?2020）》，并成為中國民辦教育改革30年典型案例之一），2013年托管了三亞城市職業(yè)學院，托管了甘南縣農(nóng)村職業(yè)教育，所進行的“從黑龍江畔到南海椰林、從城市到鄉(xiāng)村”的委托管理實踐，已取得顯著成果。學院教育改革實踐已成為國家教育行政學院的經(jīng)典教學案例，院長曹勇安教授連續(xù)18年被國家教育行政學院聘為兼職教授，是職業(yè)教育領域、新建本科高校和民辦高校中唯一受聘的院（校）長。
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