全面深化研究生教育體制改革，基礎是理清研究生培養的科學理念，并將這些理念轉化為具體的改革實踐。中國農業大學在國家研究生教育綜合改革和全國研究生教育質量工作會議精神的指導下，進行了積極的理論思考與實踐探索，實施了新一輪研究生教育深化改革。現已初步建立起了一套比較完整的體系，并取得了較為明顯的效果。主要措施是：
第一，樹立科學的質量觀，明確培養定位，調整學制和培養方案。
按照社會需要大量的應用型人才和少量的高水研究型人才的要求，我校調整和明確了研究生培養定位：碩士生教育以培養應用型人才為主，博士生教育以培養學術型人才為主。為落實這個理念，我校進行了學制等一系列調整，不僅促進了博士生學術培養質量的不斷提高，也強化了碩士生的應用實踐能力培養。我校的應用型碩士生培養“科技小院”模式，在全面提高碩士生的實踐能力和綜合素質方面，取得了非常顯著的效果。
第二，樹立科學的選材觀，推行碩博連讀，實行博士生招生申請考核制。
招生的過程，實際上就是選材的過程，就是要在那些自己愿意繼續攻讀的本科畢業生中，把那些最具備“學科特長和創新潛質”的學生挑選出來，招收為研究生。
我校的研究生招生改革，主要體現在博士招生方面。一是鼓勵學生進行碩博連讀，目標是使碩博連讀生占到絕大比重，從而加強博士生培養的連續性。二是對社會招考實行全面的申請考核制。由于改革方案設計比較周密，落實執行比較細致，因此進展的過程非常順利，達到了預期效果。
第三，樹立科學的選師觀，淡化與職稱掛鉤的博導稱號概念，實行以崗位能力為評價指標的招生資格審核制度。
我國長期以來，把博士導師當作一個頭銜和學術職位，只有正教授以上的才能夠擔任。這種僅與職稱關聯并且固化的博導資格，使得一些優秀的青年副教授不能招收博士研究生。我校改革的目的，就是把每年有限的博士生招生指標，分配給學術水最高、培養條件最好的老師。主要措施是賦予副教授與教授同等的招生資格。這樣，使得更多的優秀副教授獲得博士招生資格和指標，而那些競爭力不強的教授則暫停
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