人事爭議與勞動爭議的時效不同
人事爭議仲裁辦法中多處提到時效問題，其中最重要的時效包括當事人應當在人事爭議發生之日起60日內，以書面形式向有管轄權的人事爭議仲裁委員會提出申請，逾期再申請的，仲裁委員
會可以不予受理。當事人提出仲裁申請時，受理機構必須在15天內作出受理或不受理的書面決定并通知本人。仲裁庭處理人事爭議案件，從仲裁庭組成之日起60日內結案，特殊情況經仲裁委員會批準可以延期30日。人事局人事爭議仲裁處王友芝處長介紹說，以往發生人事爭議時，通過信訪解決，一般需要半年或者一年的時間才能解決。
北京市勞動爭議仲裁的相關條例規定，勞動爭議發生后，當事人應當從知道或應當知道其權利被侵害之日起60日內，以書面形式向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。當事人因不可抗力或者有其他正當理由超過上述規定的申請仲裁時效的除外。
人事爭議與勞動爭議仲裁委員會的管轄范圍不同
人事爭議案件仲裁實行分級別管轄。根據仲裁辦法的規定，市和區、縣都要成立人事爭議仲裁委員會。北京市人事爭議仲裁委員會受理市級國家機關及其所屬事業單位的人事爭議案件，區縣級仲裁委員會負責受理本區縣級國家機關及其所屬事業單位的人事爭議案件，中央在京的機關、事業單位的人事爭議案件，由中央國家行政機關在京直屬事業單位人事爭議仲裁委員會受理。據人事局人事爭議仲裁處王友芝處長透露，5月1日之前的人事爭議原則上不受理，由其上級機關或通過信訪來解決。而勞動爭議案件仲裁不實行分級別管轄，而實行屬地管轄。
人事爭議與勞動爭議當事人權利不同
北京市人事爭議仲裁辦法中規定了仲裁員選擇制度，仲裁庭由3名仲裁員組成，發生人事爭議時，首席仲裁員和其他兩名仲裁員組成仲裁庭，首席仲裁員由仲裁委員會指定，其他兩名仲裁員當事人雙方可在仲裁委員會所有的仲裁員中自由選定一名仲裁員，這樣可以增加仲裁的公開性和等性，這種做法在全國尚屬首例。而勞動爭議案件仲裁中沒有此規定。
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