校始建于1951年，前身為西南區川南醫士學校，1978年升格并更名為瀘州醫學院，1993年成為碩士學位授權單位，2001年開始聯合培養博士，2003年開始留學生學歷教育。2015年4月更名為四川醫科大學，同年12月更名為西南醫科大學。

學校占地2011畝。在校本科生、研究生、留學生17000余人。在職教職工5000余人，高級專業技術職務1000余人，碩士生導師566人，博士生導師17人。有教育部“*”講座教授、國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選、享受國務院政府特殊津貼專家等高層次人才300余人，并聘請了包括邱蔚六、樊代明、付小兵等院士在內的20余名國內外專家為客座教授、兼職教授。

學校有碩士學位一級學科授權點7個，專業學位7個，省部級重點學科7個。有26個普通本科專業，其中國家專業3個，本科第一批次招生專業13個，雙學位專業5個。學校是國家第一批“卓越醫生教育培養計劃項目”、“臨床醫學專業綜合改革”、“臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革”試點高校。有省級精品課程及精品資源共享課程26門和人才培養模式創新實驗區、實驗教學示范中心、虛擬仿真實驗教學中心。是四川省卓越法律人才教育培養計劃示范性實踐教學基地。兩屆獲四川省高等教育教學成果獎一等獎3項。在全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽中，連續六年獲西南西北分區賽一等獎，獲全國總決賽二等獎2次、三等獎4次；連續兩次獲國際口腔醫學本科生操作技能大賽一等獎；2015年獲第五屆全國高等醫學院校大學生中醫藥創意設計競賽一等獎；醫學專業學生參加國家執業資格考試通過率連續多年位居全國前列；畢業留學生回國參加執業醫師考試通過率達81.88%，遠高于其所在國均水。

學校有教育部重點實驗室、國家級博士后科研工作站、國家藥物臨床試驗機構、省重點實驗室、省科技基礎條件臺等研究基地和機構，是“四川2011心血管疾病防治協同創新中心”的牽頭單位，有四川省唯一一個以醫藥、醫療器械研發為的省級大學科技園。截止目前，學校獲國家級、省部級科研項目700項；獲四川省科技進步一等獎5項，中華醫學科技進步二等獎1項，三等獎2項。

學校是四川省高等學校教育信息化示范學校。圖書館是四川省自動化、網絡化建設優秀圖書館。

學校有三級甲等直屬附屬醫院3所，編制床位總數4370張，有國家級和省部級醫學重點專科或學科8個，是國家級全科醫生臨床培訓基地、國家或省級住院醫生和專科醫師規范化培訓基地，是擁有4000多萬人口的川滇黔渝結合部的區域醫療衛生中心。